摘要：核心种质（Core Set）是“从海量种质中挑出一个小而精、却能代表整体多样性”的子集，用来解决资源库规模过大、研究/育种样本难以深度分析的矛盾。本文作为“种质资源分析业务”系列总纲，覆盖业务概括、术语、核心指标、应用场景、友商产品概览、分析流程（技术栈/常用软件）与数据要求，并用多目标优化（以 Core Hunter 3 为代表）说明“多样性 vs 代表性”的平衡方法。

这篇笔记把GWAS实战里最常“落地”的部分集中整理：常见输入输出文件长什么样、Manhattan/QQ图怎么看、以及最终交付物通常包含哪些表。

这篇笔记整理 从零开始做一项GWAS 的通用流程，并把常见软件工具（示例：TASSEL、METAL等）与关键参数/注意点放在同一处，便于以后做实战时直接对照补全。

这篇笔记聚焦 GWAS 的“为什么”和“怎么算”：GWAS在统计学上在做什么、为什么LD是GWAS成立的关键前提、多重检验阈值从何而来，以及常见术语在文献里具体指什么。

这篇笔记改为 GWAS总览入口。为了便于后续实战与复用，我把原先混在一起的内容拆成了三篇更聚焦的文档：原理、流程（含软件/参数）、文件与结果解读。

这篇笔记整理了QTL的鉴定原理。

在二倍体生物中，同源染色体上的等位基因并不总是以相同的强度进行转录。这种现象被称为等位基因特异性表达（Allele-Specific Expression, ASE）。

这篇笔记整理了在做基因组注释与变异检测时，相关文件格式的含义。
主要覆盖参考基因组构建（BWA 索引、功能注释）、Fastq 原始测序数据、以及 VCF 变异结果文件中的关键字段。

这篇笔记整理了根据项目实战来学习variant calling（SNP和InDel）的流程。

这篇笔记整理了variant calling（SNP和InDel）的技术原理。