这篇笔记改为 GWAS总览入口。为了便于后续实战与复用，我把原先混在一起的内容拆成了三篇更聚焦的文档：原理、流程（含软件/参数）、文件与结果解读。
快速导航
- 原理（为什么、怎么算）：
GWAS原理- GWAS在统计学上在做什么（$\beta$、SE、Wald/LRT）
- 多重检验与全基因组阈值
- 为什么LD是GWAS成立的关键、$D/r^2$ 的意义
- 流程 + 软件 + 参数（怎么做）：
GWAS流程、软件与关键参数- 从表型/基因型/QC/插补/结构校正到关联与下游
- 软件位置与实战时的参数清单（以后填实参）
- 文献驱动的mermaid流程图（METAL meta-GWAS、多组学整合）
- 文件 + 结果可视化解读（怎么交付/怎么看）：
GWAS文件、常见结果与可视化解读- 输入/输出文件与字段清单
- Manhattan/QQ图解读要点
- 常见交付物Checklist
背景与参考
- 研读文献：A compendium of genetic regulatory effects across pig tissues
- 参考资料：https://blog.csdn.net/qq_65680034/article/details/135097166
