这篇笔记整理了根据项目实战来学习variant calling（SNP和InDel）的流程。

这篇笔记整理了variant calling（SNP和InDel）的技术原理。

在双端测序（Paired-end Sequencing）中，测序得到的R1和R2确实并非总是完整的、无冗余的正反向序列。根据文库插入片段长度（Insert Size, $L_I$）与单端读长（Read Length, $L_R$）的比例关系，实际下机数据会出现以下几种典型情况。

记录了二代测序的原理。

记录了建库以及上机前的原理。

传统进化论（新达尔文主义）告诉我们：基因突变 → 自然选择 → 适应性演化。但这个模型省略了一个关键环节——发育（Development）。

巴顿的《进化》一书第16章几个关键概念。这一章重点阐述了空间结构对演化的影响。

这是一份旨在消除概念断层、统一群体遗传学（微观）与系统发育学（宏观）视角的演化基因组学学习笔记。