使用OGM时,结构变异是直接观察而不是在NGS中通过推断发现的。
Ref: https://bionano.com/how-ogm-works/
概括:OGM 技术首先从血液、骨髓穿刺液、培养细胞(包括绒毛膜绒毛和羊水细胞)、组织或肿瘤活检样本中分离超高分子量(UHMW)DNA。通过单次酶促反应,将荧光标记物定位到基因组的特定序列基序上。标记的 DNA 分子在芯片上的纳米通道阵列中进行线性化。软件解决方案可识别标记物排列或间距的变化,从而精确检测所有类型的结构变异(SV) 。生成的 OGM 数据可以单独分析,也可以与测序或芯片数据结合分析。
相比NGS,其优势在于:
- 可以观察重复序列及其周围区域发生的SV
首先从样品分离超高分子量(UHMW)的DNA。

接着直接标记和染色。仅需一次酶促反应,即可识别人类基因组中每100kb大约出现14-17次的6bp序列基序,并通过共价修饰将荧光标记转移到基序。这一步骤可生成独特的序列特异性标记模式,用于基因图图谱组装。
将标记的DNA加载到芯片的单个流动池入口和出口,从而实现分子从入口到出口的电泳。
上游解旋了DNA并引导其进入纳米通道。钙通道只允许单个线性的DNA分子通过,同时防止其缠结和折叠。
DNA在通道拉伸后,高分辨率相机对其成像,这种环境允许DNA分子同时快速穿过数十万平行的纳米通道。跨越视野范围的长分子会被拼接在一起。
图像数据被转换为基序特异性标记模式的digital representation。
